O YouTube vai reencodificar seu vídeo para 25 fps de qualquer maneira, então eu focaria no tamanho do arquivo.
ffmpeg -i in.mov -c:v libx264 -vprofile main -vf scale=-1:480 -c:a libvo_aacenc -ac 2 -ar 44100 out.flv
Isso fará com que
Recipiente FLV
Vídeo H.264
Perfil principal
Resolução de 480p
Áudio AAC
2 canais (estéreo)
Taxa de amostragem de 44100 Hz
Taxa de bits de áudio de 128 kbit / s (assumida)