Até onde sei, a transparência da janela é o trabalho do gerenciador de janelas. Tenho certeza - mas alguém, por favor, me corrija se eu estiver errado - que a única maneira de conseguir isso é usando um gerenciador de janelas, como o Compiz, que ofereça suporte à transparência.
Por que você não quer usar o Compiz? Se você está apenas tentando evitar o Gnome e o KDE, você pode usar o Compiz independentemente do seu ambiente de trabalho.