Já tentou procurar aqui ?
Q: Why is jEdit so slow to start up?
A: Some plugins require a lot of setup - chances are if you disable one, you will be able to determine the culprit. jEdit normally starts up quite quickly without plugins
- To go the Utilities menu and select Activity Log.
- Scroll to the area where you see lines like “[notice] JARClassLoader: Starting plugin XXX”.
Seus sintomas soam como um tempo limite de DNS. No Debian, o sun-java-jre depende do avahi (que é usado para o mDNS). Talvez você tenha um plug-in que está tentando fazer uma pesquisa de DNS que está expirando.