A única maneira que posso pensar é fazer uma cópia do wscript.exe para cada script que você precisa ter um nome exclusivo no explorador de processos, em seguida, chamar explicitamente essa cópia.
Por exemplo, digamos que você renamer.vbs crie uma cópia do wscript.exe e chame-a de renamer.exe
Agora, execute seu script como:
...\renamer.exe renamer.vbs
O processo deve aparecer como renamer.exe