Há um motivo muito importante pelo qual os arquivos / diretórios reais estão em /home/.ecryptfs/* e os que estão em $HOME são links simbólicos ...
Se você estiver usando a criptografia de diretório inicial, $HOME é apenas uma apresentação virtual de seus dados em texto não criptografado. Os dados reais estão, na verdade, em /home/.ecryptfs/ .
Os dados real existem em /home/.ecryptfs/ , para que possam ser montados pelo sistema operacional (pam_motd, actualy) e para que você possa fazer o backup.