Você pode executar arquivos executáveis e outros arquivos (lote, etc) colocando arquivos ou atalhos na pasta Inicializar ou nas chaves do Registro Executar.
Locais das pastas de inicialização:
Per user - C:\Users\(User-Name)\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
All users - C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Locais da chave de registro:
Per user - HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
All users - HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run