Eu consertei o problema!
Ao executar o script de um navegador, ele não trata como PHP cli.
Substituir
shell_exec("/usr/bin/php theprocess.php > /dev/null 2>&1 &");
Para
shell_exec("/usr/bin/php-cli theprocess.php > /dev/null 2>&1 &");
Eu não tenho mais várias procissões sendo executadas em segundo plano.