Bem, o problema foi certamente um compartilhamento de rede que não estava disponível. Basicamente, o computador SSH estava sendo hospedado em conversas com diretórios compartilhados do computador da minha esposa. Bem, o computador dela não estava disponível (eu acho que durmo) e realmente acabou com o Cygwin.
Quando acordei o computador, tudo começou a aumentar novamente. Estou confiante de que o cygwin não conseguiu registrar o compartilhamento de rede e causou a desaceleração.
Se alguém tiver um artigo melhor, aceito de bom grado isso como resposta.