Eu já experimentei isso sozinho, usando um HD extra.
Contanto que o Snow Leopard já esteja instalado na partição que você deseja atualizar, você pode simplesmente executar o DVD de instalação ou o pendrive USB que você criou, e selecionar sua partição SL e ele fará uma atualização em vez de uma instalação recente . Não te diz isso, mas é o que acontece. Como sempre, certifique-se de ter um backup completo antes de fazer isso de qualquer maneira!
Incidentalmente, mesmo se você atualizar / instalar através deste método de DVD / USB que muitas pessoas estão falando (extraindo o InstallESD.dmg do download da App Store), ele ainda criará uma recuperação partição durante o processo de instalação, que está oculto no Utilitário de Disco (mas pode, creio eu, ser removido via diskutil na linha de comando).