O problema é que o chrome faz uma sincronização incremental e o que você excluir em um deles será restaurado porque existe no outro. Eu tive o mesmo problema porque eu tinha sincronizado bookmarks no meu PC em casa e no PC do trabalho. Eu me deparei com isso como a solução, o que você basicamente precisa fazer é:
- remova os dois PCs da sincronização,
- exclua o backup na nuvem,
- organize marcadores em um PC,
- faça o upload de favoritos para a nuvem por meio desse PC (ative a sincronização),
- remover dados do usuário do chrome de outro computador,
- adicione novamente a sincronização.
O link abaixo também ajudará: Exclua duplicados de mais de 150.000 marcadores no Google Chrome