Você não pode modificá-lo sem recompilar. Você precisa executar configure
e make
novamente com as opções corretas.
make install
sobrescreverá as versões atuais do seu ffmpeg com a correta.
Aviso de isenção de responsabilidade: sim, você pode corrigir arquivos binários, mas isso não é prático em nenhum sentido nesse caso.