Eu tive exatamente o mesmo problema por um tempo em dois computadores (atualmente executando o FF 7.01, mas apareceu em versões anteriores)
Eu resolvi isso adicionando uma nova barra de ferramentas vazia . Parece que o FF "esconde" a primeira barra de ferramentas sob a barra de navegação, mesmo que essa não seja a descrição correta do problema.
A nova barra de ferramentas vazia parece empurrar minha barra de favoritos para baixo para que ela fique visível novamente.