Você pode ver a lista completa de coisas destacadas digitando :hi (abreviação de destaque).
Você também pode procurar em /usr/share/vim/vimcurrent/syntax/<filetype>.vim , por exemplo /usr/share/vim/vimcurrent/syntax/ruby.vim ou o equivalente do seu computador.
Para Java inclui, tente:
:hi link Include NONE
ou
:hi PreProc NONE
Para Ruby do end , tente:
:hi link rubyControl NONE
ou
:hi Statement NONE
Você pode colocar o que quiser no seu ~/.vimrc para torná-lo persistente.
Se você quiser mudar a cor para outra coisa, consulte a documentação de destaque para saber mais detalhes.