O problema provavelmente é causado pelo fato de que o GIF usa índices em um array de 256 cores para especificar a cor em cada pixel. É altamente improvável que quaisquer duas imagens GIF compartilhem a mesma paleta de cores.
Então, quando você abre a imagem A, ela usa sua paleta, onde o pixel 1,1 aponta no índice 23, que é azul (por exemplo). Agora, quando você abrir a imagem B, o índice 23 usará essa cor em vez da cor de sua paleta (que é vermelha - por exemplo). Então, a imagem B parecerá errada.
Se você converter todas as imagens para PNG ou algum outro formato de cores reais, não terá esse problema. Você pode combinar as imagens e, em seguida, salvar novamente no GIF, se necessário.