Você disse: "Minha pergunta é se devo me preocupar com outros diretórios em que um aplicativo meu decide armazenar arquivos temporariamente".
A resposta é que isso depende de quão paranóico você é. Não é realmente possível responder à sua pergunta muito bem. Eu acho que é por isso que não foi respondida anteriormente. No entanto, vou tentar uma resposta ...
Como você disse que a criptografia de disco completo não vale a complexidade para você, acredito que suas necessidades (apenas criptografar arquivos em diretórios sensíveis) podem ser atendidas com algo como o EncFS. Veja esta resposta:
Esta é sua resposta: link
Em relação ao / tmp, mantenha-o na memória, montando-o como tmpfs, como discutido nessa resposta. E não se preocupe com mais nada. Se isso não for bom o suficiente para você, volte para a criptografia de disco completo.