Encontrei as duas soluções a seguir:
Para som, executando isso na linha de comando, restaurei meu ícone de som:
gsettings set com.canonical.indicator.sound visible true
Para o Dropbox e para meu indicador de entrada do IME, parece que remover tudo do painel do Gnome e, em seguida, adicionar "indicador de aplicativo concluído" e "área de notificação" e, em seguida, reiniciar ajudou. No entanto, o meu ícone do Dropbox e os ícones do IME parecem elevados:
Oh bem, pelo menos eles estão de volta agora. Observe que o ícone que diz "En" nunca muda, mesmo que o que diz "US" mude para mostrar o método de entrada que estou usando no momento.