O OS X oculta arquivos e pastas que começam com um ponto '.', por padrão.
Existem aplicativos de terceiros para ocultar outros arquivos também, como o MacHider
Não conheço programas que fazem isso, mas você sempre pode tentar encontrar mais no google.
Atualizar
Eu encontrei outra solução, no Terminal: chflags hidden file/folder
Isso oculta o arquivo ou a pasta do Finder. nohidden restaura a visibilidade.
Você pode criar um applescript, que oculta todos os arquivos .pyc na pasta atual e adicioná-lo à sua barra de ferramentas. Ou você pode simplesmente executar o comando para recriar todo o seu sistema de arquivos (embora geralmente não seja uma boa idéia)