Depende principalmente do gerenciador de janelas. (Embora possa ser controlado pelo GTK, no final depende do WM.)
Se você usa o Compiz, acredito que pode especificar exceções usando CCSM .
A metacity não tem essa opção. 1
1 O gerenciador de janelas wmii vem com uma ferramenta chamada wihack
, que é capaz de sobrescrever o tipo de janela de um programa.
Por exemplo, wihack -type toolbar vncviewer
. Mesmo que a ferramenta faça parte do wmii , os tipos de janela do EWMH são usados pela maioria dos gerenciadores de janelas incluindo o Metacity .