Você pode usar o recurso de whiteout do editor de PDF on-line PDFescape .
Dependendo do seu sistema operacional, você pode usar o PDFedit .
A maneira cara de fazer isso é, sim, com a ferramenta de texto de retoque do Acrobat Pro. Mas eu prefiro o código aberto sempre que possível.
Converter de volta para o formato HTML ou Word, etc., provavelmente vai acabar mudando muito mais do que você queria.