Encontrei uma resposta aqui: Tópico: direção do zoom da roda do mouse . Isso irá trocar a direção de rolagem no Firefox:
#IfWinActive, ahk_class MozillaUIWindowClass
WheelDown::WheelUp
WheelUp::WheelDown
Aparentemente, para que ele funcione para vários aplicativos, você precisa criar um grupo de janelas .
Infelizmente isso também afetaria coisas como caixas de listagem nesses aplicativos. AutoHotkey pode dizer que "ClassNN" você está pairando sobre dentro de um aplicativo, de modo que pode ajudar a reduzi-lo, mas eu não tenho certeza como usar isso ainda .