Você pode tentar reinstalar a área de trabalho inteira.
sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop
Pode ser mais fácil percorrer a lista de pacotes removidos, um por um, e reinstalar.
O que você fizer isso seria um bom momento para fazer um backup caso você ainda não tenha um, então, quando coisas assim acontecerem, você poderá reverter suas alterações.