Isso significa que você não tem uma partição de inicialização separada. Em vez disso, o / boot está sob /, a partição raiz. Isso também significa que / boot está muito longe do começo do disco.
Vários sistemas podem ter problemas quando o / boot é muito alto em um disco. Já que seu / boot está em /, ele está no final da unidade. O erro simplesmente avisa que / boot pode estar muito alto em um disco e que tal posição pode causar problemas.
Em geral, a melhor maneira de fazer o particionamento é ter uma partição de inicialização pequena no início do disco e montá-la em / boot. Desta forma, a partição raiz pode estar em qualquer lugar.
O erro existe porque os BIOS têm limites na posição das partições de inicialização. Existe um artigo interessante aqui que explica várias limitações que eram comuns em BIOSes. Hoje, os computadores não devem ter esses problemas, mas é sempre melhor errar no lado seguro.