Sim, é possível e até recomendado se você criptografar a unidade.
A única coisa que você precisa lembrar é conectá-lo quando fizer atualizações de kernel. O resto é simples, você particiona o pendrive USB, instala o GRUB (ou LILO) nele, define a /boot
partion como UUID ou LABEL no parâmetro root=
na configuração do carregador de inicialização e você deve ter uma solução de trabalho. / p>