Você excluiu o projeto somente da área de trabalho do Eclipse? Ou do disco? (esta opção entre as duas exclusões é proposta ao remover um projeto).
- Se for da área de trabalho, você poderá reimportar o projeto.
- Se for do disco, ele será removido (a menos que algum tipo de "desfaça a exclusão "ferramenta pode recuperar esses arquivos)