Conheço pouco de MacOS (embora tenha certeza de que é possível formatar grandes partições FAT32). Se isso não acontecer, você pode inicializar sua máquina Windows usando um Live CD do Ubuntu (ou qualquer outra distribuição Linux) e formatá-la a partir daí. O Linux irá alegremente formatar uma partição FAT32 em poucos terebytes.
Ou você pode tentar encontrar uma instalação do Windows 98, pois isso não tem o limite artificial de 32Gb (embora o IIRC tenha um limite devido a certos bugs, campainha de 512Gb).
Uma vez formatado corretamente, o Windows usará com alegria um sistema de arquivos FAT32 criado por outro SO.
Lembre-se, porém, de ter cuidado com as limitações do FAT32, especialmente em partições grandes: ele é muito ineficiente em termos de uso de espaço para arquivos pequenos e muito propenso a fragmentação (embora o uso da unidade possa não ser um problema para você), não há nenhum journalling (diferente de NTFS, ext3 / 4 e outros sistemas de arquivos modernos), então tenha certeza de que você sincronize / desmonte / ejete a unidade antes de desconectar o sistema de arquivos, e assim por diante.