se você instalar pacotes no usb com o modo Persistence, use o instalador NOT até onde eu tenha visto. Instale os novos pacotes no sistema instalado.
Por exemplo, você cria um live-usb com persistência e instala os drivers nvidia. Em seguida, inicialize o usb em um laptop nvidia ele deve rodar bem. No entanto, quando você instala no laptop, os drivers nvidia NÃO serão instalados na nova instalação.
Isso é bom e ruim. Seria bom se você pudesse instalar os pacotes extras, no entanto, pode haver casos em que você não deseja uma cópia exata. (em um pc usando o chipset de vídeo ATI, por exemplo)
Existem maneiras de "remasterizar" um CD ao vivo para incluir pacotes extras. Este cd ao vivo remasterizado, poderia então ser usado para fazer um flash ao vivo que instalaria os pacotes extras também.
No exemplo acima (sobre drivers nvidia), devo salientar que tive problemas no passado com o modo Persistence realmente usando os drivers. Eu tive que alterar algumas coisas para fazê-las funcionar corretamente. Eu não testei o quão bem isso funciona em 11.04 ainda. Eu normalmente instalo os drivers nvidia em um flash drive no modo Persistence para facilitar a instalação em minhas máquinas nvidia.