O Ubuntu e o Windows são quase certamente instalados em partições diferentes. A partir do Ubuntu, você pode formatar a partição na qual o Windows está instalado e atualizar o menu do GRUB para removê-lo.
Eu recomendaria usar o gparted para particionar no Linux. Se ainda não estiver instalado, você poderá localizá-lo no gerenciador de pacotes. Você pode formatar a partição e deixá-la sozinha, ou você pode expandir sua partição do Ubuntu para ocupar esse novo espaço livre. Tenha em mente que a expansão de uma partição pode ser um processo muito longo e demorado, às vezes.
Para atualizar o menu GRUB, execute gksu gedit /boot/grub/menu.lst e remova a entrada do Windows Server da lista. Isso deve ser bastante simples, mas se você ficar confuso sobre o que remover do arquivo, comente aqui e nós podemos ajudá-lo a descobrir isso.