Do meu próprio teste, parece que a configuração RSSAutoDelete
in ~/Library/Preferences/com.apple.mail.plist
controla esse recurso. Tente executar o seguinte comando no Terminal.app:
defaults write com.apple.mail RSSAutoDelete -int 3
As configurações da GUI são "Manualmente", "após uma semana", "após duas semanas", etc., que parecem corresponder aos valores 0, 7, 14, etc. É razoável supor que a configuração seja 3 pode fazer Mail.app excluir mensagens após 3 dias.