O lyx deve saber os arquivos .dot quando o graphviz estiver instalado corretamente. não há necessidade de hackers de preâmbulo, apenas insira-o como uma imagem normal.
Eu quero incorporar dot scripts em .lyx arquivos, adicionei a seguinte linha:
(In document LaTeX preamble: )
\usepackage{graphviz}
no entanto, o látex cometeu um erro:
LaTeX Error: File 'graphviz.sty' not found.
Bem, parece que você não tem o pacote graphviz.sty corretamente instalado. Talvez isso possa ajudá-lo. De qualquer forma, existem outras maneiras de incorporar Graphviz no LaTeX, veja um previuos answer do meu.