Não tenho certeza, mas e se você fez /home/user/Desktop
um link simbólico para /home/user/
? Você faria isso digitando o comando ln -s /home/user/Desktop /home/user/
.
Eu não tenho idéia se isso vai funcionar ... Você provavelmente terá que remover o conteúdo da pasta /Desktop
antes de criar o link - dessa forma você não perderá nada acidentalmente na sua área de trabalho.
Se isso não funcionar, não sei como você faria isso ...
Boa sorte!