Não tenho certeza, mas e se você fez /home/user/Desktop um link simbólico para /home/user/ ? Você faria isso digitando o comando ln -s /home/user/Desktop /home/user/ .
Eu não tenho idéia se isso vai funcionar ... Você provavelmente terá que remover o conteúdo da pasta /Desktop antes de criar o link - dessa forma você não perderá nada acidentalmente na sua área de trabalho.
Se isso não funcionar, não sei como você faria isso ...
Boa sorte!