Não deve haver nenhum problema com a migração dos Arquivos de Programas para uma unidade diferente e, em seguida, a criação de uma junção no local original.
Você provavelmente desejará inicializar no WinPE e usar o Prompt de Comando para fazer isso, para não ter que lidar com arquivos abertos. O parâmetro robocopy / copyall pode fazer todo o trabalho pesado.
A única ressalva é que agora você terá que reinstalar seus programas favoritos de volta ao SSD em uma pasta diferente, se possível. Se você não pode especificar o local, você está olhando para algumas junções e, em seguida, as coisas começam a ficar confusas.