Veja o que a VMWare tem a dizer sobre isso: link .
No Linux, estou executando o Windows dentro do VMware Player. Quando encerro o Windows, o VMware Player diz o seguinte:
Como o disco pode ser fragmentado se o sistema host for Linux? Se eu desfragmentar a unidade de dentro da máquina virtual do Windows, é a mesma coisa que deixar o VMWare desfragmentá-la?
Veja o que a VMWare tem a dizer sobre isso: link .
Os sistemas de arquivos Linux podem ficar fragmentados, normalmente de maneira menos dramática. O ext4 tem uma ferramenta de desfragmentação online, mas não me lembro como é chamado e, a menos que conheça sua distro, não saberia em que pacote estaria. Se o seu disco virtual estiver configurado para expansão em vez de tamanho fixo, nenhum sistema de arquivos vai impedi-lo de se tornar fragmentado, a menos que esteja em sua própria partição separada, o que naturalmente anula o propósito de usar um disco virtual em expansão.
Eu digo, faça exatamente o que a tela diz, mas sugiro dar alguns passos extras.