A inicialização só deve acontecer quando você não estiver inicializando no modo UEFI (o que seria praticamente sempre em sistemas antigos). É devido a esta linha na configuração do Syslinux ( isolinux/menu.cfg ):
menu title Installer boot menu^G
Se você estiver usando um USB, deve ser suficiente editar esse arquivo e remover o bipe, que é causado pelo ^G (ou pelo caractere ASCII do sino - \a -).
Fonte:
- fóruns da Debian: RESOLVIDO! desativar "BEEP" do syslinux pelo wheezy hdd ao vivo