Qual placa gráfica você tem e quanta memória ela tem?
O Flip 3D exigirá mais memória e poder de processamento do que as janelas normais e, quando você dobra a área em que tem que operar, aumenta ainda mais essas demandas.
Além disso - enquanto você pode obter um bom desempenho 3D quando uma janela está totalmente contida em um dos monitores, você pode encontrar um desempenho se ela se estender a ambos. Isso ocorre porque o processamento não pode ser feito apenas por um caminho de saída.
A solução final pode ser que você tenha que comprar uma placa gráfica mais potente - ou apenas viver com o desempenho degradado.