O Autoruns sempre faz isso: mostra duas entradas vinculadas entre si. Eu acho que tem algo a ver com o fato de que existem dois locais de inicialização:
C:\Documents and Settings\All Users\Start Menu\Programs\Startup
vs
C:\Documents and Settings\<your-name>\Start Menu\Programs\Startup
A maioria dos programas tem um recurso (ou opção) de "não iniciar uma segunda instância". Verifique se o AHK tem isso.
Ou minha maneira preferida é mover a maioria das startups para
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
(você sabe como criar uma entrada reg, certo?) Isso não tem um problema de "inicialização dupla"