Para responder à sua pergunta em breve: Você pode (tecnicamente), mas não deveria.
Você tem muitas opções aqui, mas as verdadeiras são:
- você quer um ambiente de desenvolvimento portátil?
- você quer ir e voltar rapidamente entre o Windows e o Ubuntu? Talvez acessando arquivos do Windows do Ubuntu?
Se você quer portátil, então suas opções são:
- instale o Ubuntu completo em um pen-drive: Esse é o caminho mais barato, e será inútil e muito frustrante de usar. Se você não gastou uma quantia insana de dinheiro nesse pen drive, será lento para leituras aleatórias, porque somente as leituras seqüenciais são rápidas em um pen-drive comum. Segundo, o nivelamento de desgaste não está funcionando muito bem em um pen-drive, o que significa que ele falhará muito em breve. Terceiro, você tem que ajustar a distribuição do Linux para não gravar o pen-drive 5 vezes por segundo, mesmo com o sistema de arquivos EXT2, e isso leva você de volta ao desgaste e à lentidão.
- instale o Live Ubuntu em um pen-drive, com armazenamento de dados persistente. Essa é uma solução quase boa, eu usei por um tempo: Esta versão do Ubuntu é projetada para rodar a partir do CD, então está preparada para não gravar no meio de onde é carregada. Alguns caras espertos ajustaram o uso do pen-drive, então ele pode armazenar alguns dados (eu usei em um Sandisk Cruzer Micro de 16 GB). Ainda é lento para carregar, mas então está tudo bem. Tente Wubi para instalar o Ubuntu no pen-drive, ele vai até baixar a distro especificada para você.
- Invista em um pequeno SSD externo (cerca de 32 GB) com o USB. Você terá uma velocidade muito rápida e um bom nivelamento de desgaste. Aqui você pode escolher se deseja a instalação completa ou Live. Eu sugiro a instalação completa.
Qualquer uma dessas soluções é boa para inicialização direta, ou você pode inicializar todas elas em um ambiente virtual, como o VirtualBox.
Se você não quer ser portável, você tem 3 opções, mas apenas uma é viável:
- instale o Ubuntu como um segundo sistema operacional em uma partição diferente.
- instale o Ubuntu como um segundo SO como um único arquivo dentro do Windows.
(Esses dois são praticamente inúteis. você precisa reinicializar para entrar no Ubuntu.)
- Instale o Ubuntu em um ambiente virtual, como o VirtualBox ou o VMWare Player, ambos gratuitos.
E a combinação isolada / portátil:
- inicialize no Ubuntu ao vivo / completo através do Virtualbox,
Sugiro não armazenar o arquivo .vdi do VirtualBox no pen-drive / SSD e usá-lo de lá porque você estará vinculado ao VirtualBox enquanto o método anterior permitirá que você decida como deseja inicializá-lo.