O Eclipse não será executado porque o Eclipse é fornecido com um ativador nativo (um executável) que carrega e executa o tempo de execução Java subjacente. Ao fazer isso, a arquitetura java deve corresponder à arquitetura executável que a carrega. O mesmo acontecerá se seu código Java carregar qualquer biblioteca nativa compartilhada.
Sua solução: Obtenha o Eclipse de 64 bits