Em um mundo perfeito, não há desvantagens. Na realidade, alguns softwares não liberam recursos corretamente e alguns hardwares não tratam muito bem da retomada da hibernação.
Se você sempre usa o modo de hibernação com software que vaza recursos, você vai acabar com um computador muito lento. Isso pode ser resolvido com um reinício.
Se você usar o modo de hibernação com hardware que não suporta a retomada da hibernação corretamente, esse dispositivo de hardware pode não funcionar até uma reinicialização ou pior, todo o sistema pode não funcionar até a reinicialização. O hardware moderno é muito bom, no entanto.
Longa história: se você estiver usando hardware moderno, não deverá ter nenhum problema além de ocasionalmente ter que fazer uma reinicialização completa devido a um software com vazamento.