/etc/ssl/private
é um lugar destinado a armazenar suas chaves privadas. Geralmente é vazio a menos que você coloque algo nele. Como você não se lembra de colocar nada nisso, provavelmente está bem.
PHP / Apache NÃO usa este local para as chaves privadas SSL. Usa /etc/apache2/ssl/private
. Chaves SSH são armazenadas em /etc/ssh/
.
No geral, parece que você pode se safar dessa: D