O gpu-manager é um software que cria um xorg.conf para você.
É um bug no gpu-manager: ele recria o xorg.org em cada inicialização. Deixe o Ubuntu fazer o seu trabalho e desative gpu-manager
como você já mencionou.
Dê uma olhada em /var/log/gpu-manager.log
para qualquer mensagem. Se você se adicionar ao bug abaixo (que alega ser corrigido, mas com comentários no fundo discordando ...) você precisa desse log.
E este relatório de erros tem o work-around você descreve (por Nash Kaminski em 2014-04-22 ):
gpu-manager
é responsável por sobrescrever seu arquivo de configuração do X. Comentar as linhas "start on" no topo do script upstart do gpu-manager localizado em/etc/init/gpu-manager.conf
desativará temporariamentegpu-manager
e evitará quexorg.conf
seja alterado.