Até agora, não consegui encontrar uma maneira de aceitar automaticamente o EULA (a não ser usar o WSUS).
Em seguida, considerei como enganar o Windows para pensar que a versão mais recente da Malicious Software Removal Tool (MRT) já está instalada. Descobri que isso pode ser feito ajustando a chave Version do MRT no registro, para que ele tenha o GUID do mês mais recente.
Recebi o GUID do mês mais recente da seguinte página da Microsoft (Q2 sob o cabeçalho FAQ):
Deployment of the Microsoft Windows Malicious Software Removal Tool in an enterprise environment
Eu atualizei o registro para este mês (março de 2010) e agora o Windows não vai reclamar até o próximo mês quando eu puder repetir esse processo novamente:
reg add \HKLM\Software\Microsoft\RemovalTools\MRT\ /v Version /t REG_SZ /d 076DF31D-E151-4CC3-8E0A-7A21E35CF679