Não conheço uma maneira de fazer isso acontecer automaticamente, mas se você tivesse o FileZilla iniciado com o Windows, você poderia usar um script AutoHotKey para conseguir isso (obviamente, você também precisaria ter o script iniciado com Windows).
Eu não sei como postar algo que é compilado (no caso de você ainda não ter o AutoHotKey), mas aqui está a fonte de um script que funciona na minha máquina ...
#SingleInstance force
#Persistent
SetTitleMatchMode, 2
SetTimer, s_CheckWindow, 5000
return
s_CheckWindow:
IfWinExist, FileZilla ahk_class wxWindowClassNR
{
WinActivate
WinWaitActive, FileZilla ahk_class wxWindowClassNR, , 10
SendInput ^p
ExitApp
}
return
O script verifica uma vez a cada 5 segundos para ver se o FileZilla está sendo executado e, em caso afirmativo, ativa a janela e envia CTRL + P para ela (o atalho para "fila de processos"). Depois que ele envia o atalho CTRL + P, ele sai do script.