Pelo que li, seria necessário um hack. Eu tenho tentado descobrir isso há meses, como eu cresci acostumado a ter efeitos Compiz-Fusion e um bom ambiente OpenGL para trabalhar na minha antiga configuração de monitor duplo com nVidia Twinview. Agora sou forçado a usar o Xinerama com a configuração de 3 monitores e não consigo aproveitar o Compiz-Fusion.
Isso está me deixando louca. Quanto mais essa questão surgir, mais provável é que alguém desenvolva suporte aprimorado para vários monitores. Eu recomendo postar nos fóruns Ubuntu e nVidia, e se houver um fórum Xinerama, também.
-Natalurnal