No Ubunto 9.10 / kármico, o som de inicialização é manipulado por um aplicativo de inicialização. Você pode desabilitar (ou alterar) o som de inicialização como descrito em link
Se você quiser apenas desativar, o importante é:
Go to System -> Preferences -> Starup Applications Look for “GNOME Login Sound” in the list. If you don’t want to hear anything at startup, uncheck this box.