Sim, mais ou menos. Você precisa clicar na opção "Alterar disco" no Pref Pane do Time Machine toda vez que estiver em um novo local.
Se você quer que ele seja automatizado, isso está mais envolvido. Macosxhints tem mais informações aqui e aqui .
Outra opção é ter o Time Machine em um local e fazer com que o SuperDuper faça um clone automaticamente a cada noite no outro.