Eu acho que você pode tentar o ntfsprogs ( aqui você pode ver o conjunto completo de comandos ) do Ubuntu (algum tipo de reparo) ou tente usar o chkdsk do próprio Win. OU se os arquivos estiverem em uso, você pode tentar o DVD de instalação do Win7, console de recuperação. Isso é tudo que posso pensar no momento. Espero que isso ajude ...: /