Não tenho certeza se você está se referindo à medida de segurança em que o Safari abre arquivos "seguros" após o download. Isso está disponível na guia Geral das preferências do Safari.
No que diz respeito ao download de aplicativos, esse aviso é anexado ao próprio aplicativo. Vamos supor que você baixe um DMG com um aplicativo e mova esse aplicativo para a pasta Aplicativos. Quando você executa esse aplicativo pela primeira vez, recebe um aviso mencionando que esse é um aplicativo que você baixou da Internet. A vantagem disso é que funciona se você usa o Safari ou não.
Você vê esse aviso quando faz o download de aplicativos e os executa pela primeira vez?
(Imagemcapturadade aqui depois de uma pesquisa de imagens do Google .)