Este não é um ftp-client, mas o rsync tem muitas interfaces gráficas e pode operar via ftp. O link lista muitos deles. Não tenho experiência pessoal sobre essas ferramentas, mas isso pode lhe dar um bom ponto de partida.
Eu gostaria de encontrar um cliente FTP para Linux (preferencialmente o GTK, mas se é para o KDE e faz o que eu preciso, então estou bem com isso) com ótimos recursos de sincronização. O que eu quero usar isso para é a sincronização de sites locais para suas versões de produção on-line. Eu sei que existem ferramentas de linha de comando, o que funciona bem, mas eu estou procurando uma GUI mais ou menos como o Total Commander.
E quanto ao FileZilla - A solução gratuita de FTP ? Cross-platform, também ...