Eu não acho que você pode configurar o Windows Update para ignorar arquivos selecionados. Você pode desativar a atualização do Windows desativando a atualização do Windows e o serviço de transferência inteligente em segundo plano.
Você poderá atualizar as janelas manualmente baixando cada atualização do KB e executando o instalador off-line. Arranje uma dor para fazer isso.
Eu recomendaria o backup de todo o sistema operacional Windows em vez das chaves selecionadas, porque, a menos que as chaves não tivessem dependências em outra subchave, seria difícil restaurar.