Acontece que era um disco ruim. Um representante de suporte da HP me fez remover os dois discos adicionais que eu adicionei (2 unidades extras de 1 TB). Depois disso, o problema não pôde ser reproduzido, até que eu os coloquei de volta. Sua teoria era de que o sistema estava rodando chkdsk, o que demorava muito tempo, e possivelmente parando para fazer uma pergunta, que teria sido suspensa, dada a cenário sem cabeça.
Isso corrigiu meu problema.
Verifique se há discos defeituosos.